Факультет клинической психологии образован в 1999 году, а первый прием студентов произведен в 2000/01 учебном году. Факультет клинической психологии является подразделением Санкт-Петербургского государственного педиатрического медицинского университета и имеет государственную аккредитацию.
Факультет осуществляет подготовку студентов по специальности 37.05.01 – «Клиническая психология» на базе среднего и среднего специального образования (очная форма обучения, срок обучения – 5,5 лет, квалификация: “специалист”) и по специальности 44.03.03 – «Специальное (дефектологическое) образование» (очная форма обучения, срок обучения 4 года, квалификация: “бакалавр”).